HPV感染的病人应用光动力治疗以后，常见的副作用有胃肠道功能紊乱、皮肤损伤、光敏反应、色素沉着。但是这些副作用的发生概率一般比较低，建议患者到正规医院进行治疗。

1、胃肠道功能紊乱：应用光动力治疗以后有可能会对胃肠道功能造成影响，如出现恶心、呕吐、腹胀、腹痛、腹泻等症状;

2、皮肤损伤：采用光动力治疗以后，有可能会导致外阴或者肛周等部位出现疼痛、瘙痒、不适症状，严重者甚至有可能导致局部皮肤出现糜烂、溃疡、出血等症状;

3、光敏反应：部分病人采用光动力治疗以后，有可能会出现光敏反应，出现皮肤发红、瘙痒、灼热、疼痛等症状;

4、色素沉着：采用光动力治疗后，有可能会导致皮肤出现色素沉着，颜色有可能是褐色，也有可能是黑色，主要是因为光动力治疗的过程中，有可能会产生多肽类物质，这种物质有可能会抑制酪氨酸酶的活性，从而导致色素沉着。如果出现这种情况，建议及时停止光动力治疗，同时外涂氢醌乳膏进行处理。

临床上应用光动力治疗尖锐湿疣，以及治疗痤疮、扁平疣等疾病都有一定的疗效。建议在医生指导下根据具体病情合理应用，而且对患者的身体状况要求比较严格，如果患者本身患有严重的心肺疾病、肝肾功能不全或者处于妊娠期，一般不建议采用光动力治疗。