婴儿益生菌吃了大便发黑，可能是益生菌吃得过多，也可能和进食含铁元素的食物，或者疾病有关。建议带婴儿去医院进行详细的检查，明确病因后再进行针对性治疗。

1、益生菌吃得过多：益生菌能够调节肠道菌群，若吃得过多可能会导致肠道菌群失调，从而引起大便发黑的情况。通常停止服用益生菌后，症状可逐渐改善，无需特殊治疗;

2、进食含铁元素的食物：若婴儿进食了含铁元素的食物，如猪血、鸭血、菠菜等，也可能会引起大便发黑的现象。这是正常的生理现象，无需特殊治疗，可给婴儿多喝水，促进铁元素的代谢;

3、疾病导致：可能和婴儿存在胃肠功能紊乱、上消化道出血等疾病有关。胃肠功能紊乱可能是由于饮食不当等原因导致，可能会引起大便发黑的现象。可以在医生指导下给婴儿服用枯草杆菌二联活菌颗粒等药物，调节肠道菌群。如果存在上消化道出血，应尽早到医院进行胃镜检查，遵医嘱进行内镜下止血治疗。

平时要注意婴儿的饮食情况，可以少食多餐，避免一次性吃得过多。若除了大便发黑外，还伴有其他不适症状，建议及时到医院小儿消化科就诊。