男性尿道疼痛、小便刺痛、尿频，可能是由于泌尿系统感染、泌尿系统结石、泌尿系统结核、泌尿系统肿瘤导致。

1、泌尿系统感染：通常是由于大肠杆菌、葡萄球菌等病原体感染所致，当感染侵及尿道时，会导致男性尿道出现炎症反应，而炎症刺激尿道黏膜，从而引起男性尿道疼痛、小便刺痛、尿频的情况。建议及时到医院就诊，在医生的指导下选择药物进行治疗，如左氧氟沙星片、头孢克肟颗粒等;

2、泌尿系统结石：如膀胱结石、输尿管结石等，结石会对正常的排尿产生影响，导致排尿不通畅，从而造成男性尿道疼痛、小便刺痛、尿频。建议及时到医院就诊，由医生根据结石的大小、位置选择药物或手术治疗，如膀胱结石的患者可以口服排石颗粒等药物进行治疗，或者进行体外冲击波碎石术等，必要时需要进行手术取石;

3、泌尿系统结核：如肾结核、膀胱结核等，当结核分枝杆菌侵及膀胱时，会导致膀胱出现炎症反应，而炎症刺激膀胱黏膜，从而导致男性尿道疼痛、小便刺痛、尿频。建议在医生的指导下选择抗结核药物进行治疗，如利福平胶囊等;

4、泌尿系统肿瘤：如果男性存在泌尿系统肿瘤，肿瘤组织会刺激、损伤尿道黏膜，从而导致男性尿道疼痛、小便刺痛、尿频。建议及时到医院就诊，由医生判断是否需要进行手术切除治疗，必要时需要通过放疗、化疗抑制肿瘤细胞的增殖。

由于导致男性尿道疼痛、小便刺痛、尿频的病因较多，建议及时到医院就诊，进行血常规、超声等检查，以明确诊断，在医生的指导下进行治疗。