精子畸形率高，但女性正常怀孕了，可能是偶然现象、自然受孕等非病理性因素引起。也有可能是精索静脉曲张、生殖道感染、药物影响等病理因素导致。

一、非病理性因素

1.偶然现象：如果男性偶尔一次出现精子畸形的情况，并且在检查前进行了性生活或者剧烈运动，可能会导致精子质量下降，从而出现精子畸形率高的情况。这种情况一般属于正常的生理现象，不需要过分担心，也不用进行特殊治疗，在日常生活中注意休息即可；

2.自然受孕：如果夫妻双方身体都比较健康，而且卵子和精子的质量比较好，即使精子畸形率比较高，也有一定的概率会自然受孕。但是由于精子畸形率较高，所以建议备孕期的男女双方及时到医院完善相关检查，明确是否存在染色体异常等情况。

二、病理性因素

1.精索静脉曲张：该疾病可能与久站等因素有关，患病以后会导致患者睾丸部位疼痛、坠胀等症状，随着病情的发展还会伴有精子畸形率高等症状。可以在医生指导下服用迈之灵片、地奥司明片等药物治疗；

2.生殖道感染：比如尿道炎、前列腺炎等，通常是由不洁的性生活引起的，或者是长期过度手淫造成的，会出现排尿困难、尿频以及下腹部不适感等症状，同时还会造成精子畸形率高。可以遵医嘱使用阿莫西林胶囊、盐酸左氧氟沙星胶囊等药物治疗；

3.药物影响：如果长时间服用抗肿瘤类的药物，比如注射用硫酸长春新碱、顺铂注射液等，容易对精子产生不良的影响，甚至会造成精子畸形率增高。需要立即停止用药，也可以通过多喝水的方式促进药物代谢。

此外，若存在附睾囊肿、睾丸结核等病变时，也会出现精子畸形率增高的情况，需就医鉴别诊断。