男人小便时出现尿道刺痛，并且颜色发黄，可能是存在淋菌性尿道炎、非淋菌性尿道炎，另外也可能是由于尿道结石、尿道狭窄等导致。建议及时到医院就诊，明确具体的原因，在医生指导下进行相应的处理。

1、淋菌性尿道炎：多与不洁性接触有关，可能存在高危性行为或接触被污染的衣物等，由于侵袭尿道黏膜引起炎症反应，导致男人小便时尿道刺痛并且颜色发黄，还可出现尿频、尿急、尿道口红肿等症状。明确诊断后可遵医嘱使用注射用头孢曲松钠、盐酸多西环素、阿奇霉素等药物治疗;

2、非淋菌性尿道炎：如果男人除小便时尿道刺痛、颜色发黄外，还伴有尿道分泌物增多、尿道内瘙痒等症状，可能是感染了非淋菌性致病菌，比如解脲支原体、沙眼衣原体等。建议遵医嘱选择口服药物治疗，如罗红霉素片、盐酸左氧氟沙星片、阿奇霉素片等，还可同时外用洁尔阴洗液等药物局部清洗，注意保持会阴部清洁;

3、尿道结石：当存在尿道结石时，结石会对尿道黏膜造成刺激和损伤，引起男人小便时出现尿道刺痛并且颜色发黄的现象，还可伴有排尿困难、排尿疼痛等症状。可通过尿道镜检查明确结石位置、大小，然后进行排石治疗，如体外冲击波碎石、输尿管镜碎石取石术等;

4、尿道狭窄：多与炎症刺激或先天发育异常等因素有关，由于尿道过于狭窄，可引起男人小便时出现尿道刺痛并且颜色发黄的现象。应尽早就医检查，明确具体损伤情况，必要时可进行手术治疗，如尿道扩张术、经会阴尿道狭窄切开术等。