做完肛瘘手术后是否可以注射新冠疫苗需要根据具体情况而定。如果患者处于恢复期且身体状况良好，则可以接种新冠疫苗；但如果患者正处于急性感染期或有其他严重疾病，则不适合接种。

1、适合接种：在进行肛瘘手术后的恢复期间，如果没有出现明显的不适症状，并且身体各项指标都正常，一般是可以接种新冠疫苗的。此时接种新冠疫苗不会对身体健康造成影响，也不会加重病情的发展。但需要注意的是，在接种前应告知医生自己的病史和目前的身体情况，以便医生能够更好地判断是否适宜接种。

2、不适合接种：如果患者术后伤口部位出现了红肿、疼痛等不适的症状，说明患者的体质比较虚弱，而且还有可能会伴有发热的情况发生。这种情况下是不可以接种新冠疫苗的，以免导致不良反应的发生概率增加，不利于身体健康。

建议患者在日常生活中注意保持局部清洁干燥，避免挠抓患处，以免引起皮肤破损的情况发生。同时，还要注意清淡饮食，避免食用辛辣刺激性食物，如辣椒、花椒等，以免影响病情恢复。